1949 später gründete er die Landeskirchenmusikschule. Zudem leitete er bereits seit 1945 als Hochschullehrer und Abteilungsleiter das Fach Chordirigieren an der Akademie für Musik und Theater Dresden.
Ab 1959 übernahm er Verpflichtungen als Lehrer am Konservatorium in Bern und Chorleiter der Engadiner Kantorei in der „Laudinella“ in St. Moritz.
Um ihm die gefährdete Weiterarbeit in der Schweiz zu ermöglichen und ihn damit als Dirigenten zu erhalten, gründeten Mitglieder der Berner Kantorei, der Basler Münsterkantorei und des damaligen Ostschweizer Auswahlchors 1962 die Evangelische Singgemeinde und stellten Martin Flämig als ihren ersten musikalischen Leiter an.
Zudem wirkte er als Organist in Bern, Thun und Effretikon sowie als Dirigent des Thuner Singkreises, des Lehrergesangvereins Seeland und des Zürcher Radiochors.
Flämig war Mitglied der Evangelischen Michaelsbruderschaft.
1988 Ehrenbürger der Stadt Dresden